Le taux du FCTVA est calculé de façon à compenser la TVA supportée par la personne publique sur la base du taux de TVA en vigueur diminué d’une réfaction mise en œuvre pour tenir compte de la part de TVA versée par la France au budget européen.
Ainsi, pour une dépense de 100 € HT, il convient de rapporter le montant de la taxe payée (TVA à 20 %), soit 20 €, au montant total de la charge supportée, soit 120 €. Le taux de restitution est donc de 20/120, soit 16,6 % auquel on applique une réfaction de 0,262 point, soit un taux du FCTVA de 16,404 % pour 2015.