Un audit a d’abord été demandé par le ministère de tutelle puis, en complément, l’Inspection générale des affaires sociales a effectué un bilan de perspective de l’EHESP dont le rapport de juin 2011 a été rendu public. Des 23 recommandations de la mission, l’Igas propose la mise en place de 7 d’entre elles dès 2011. L’EHESP doit être un « lieu de formation en santé publique travaillant en réseau avec les universités ». Tout en acceptant « le constat d’une EHESEP en crise », plusieurs organisations hospitalières et syndicales estiment que l’Igas apporte « au mieux des réponses inopérantes, au pire des propositions dangereuses ».