Le versement de la nouvelle bonification indiciaire (NBI) est maintenu à l’agent en congé de longue maladie tant qu’il n’est pas remplacé dans ses fonctions alors qu’il est supprimé lors d’un congé de longue durée. Le fonctionnaire territorial en congé de longue maladie ou de longue durée conserve quant à lui l’intégralité du supplément familial de traitement et de l’indemnité de résidence.
L’agent exerçant son service à temps partiel pour des raisons thérapeutiques perçoit l’intégralité de son traitement et de la NBI, les primes et indemnités étant calculées au prorata de la durée effective de service. En l’absence de dispositions dans les textes instituant les différentes primes et indemnités et de transposition du décret n°2010-997 du 26 août 2010 à la fonction publique territoriale, il revient à la collectivité de s’inspirer de ce décret pour fixer par délibération les modalités du versement des primes en cas de maladie. Faute de cette délibération, le comptable est fondé à en suspendre le versement.