Le congé annuel peut-il être interrompu par un congé maladie ?

L’autorité territoriale peut accorder ou refuser cette interruption pour motif tiré de l’intérêt du service. Dans l’hypothèse d’un congé maladie de courte durée, l’agent conserve son droit à prendre les congés annuels non utilisés (sans pour autant revenir à son poste entre les deux congés).L’article 14 du décret n° 87-602 du 30 juillet 1987 dispose qu’« en cas de maladie dûment constatée et mettant le fonctionnaire dans l’impossibilité d’exercer ses fonctions, celui-ci est de droit mis en congé de maladie ».Ainsi, jusqu’à une jurisprudence récente, il était considéré que le congé maladie interrompait le congé annuel et que la fraction du congé annuel non utilisée était reportée dans l’année. Le Conseil d’État estime désormais que « le fonctionnaire ne dispose d’un droit à congé de maladie que lorsque la maladie l’empêche d’exercer ses fonctions ; que si la maladie survient alors que l’intéressé exerce ses droits à congé annuel et n’exerce donc pas ses fonctions, il appartient à l’autorité hiérarchique saisie d’une demande de congé maladie d’apprécier si l’intérêt du service, en raison des conséquences du report du congé annuel en cours, ne s’oppose pas à son octroi » (cf. CE, 24 mars 2004, n° 259423).L’autorité territoriale décide si l’agent est maintenu en congé annuel ou placé en congé maladie.

Est-il possible de bénéficier d’une autorisation d’absence pendant un congé annuel ?

Un congé annuel ne peut pas être interrompu par des autorisations d’absences. L’agent en congé annuel au moment de l’événement perd le droit au bénéfice de ces autorisations.

Peut-on reporter les congés annuels d’une année sur l’autre ?

Selon les dispositions de l’article 5 du décret n° 85-1250 du 26 novembre 1985, les congés dus pour une année donnée ne peuvent pas être cumulés et reportés sur l’année suivante.Pour autant, l’autorité territoriale peut de manière dérogatoire autoriser le report, sous réserve des nécessités de service.Avec l’entrée en vigueur du décret n° 2025-564 du 21 juin 2025, de nouvelles règles spécifiques de report s’appliquent :Lorsque le fonctionnaire territorial est dans l’impossibilité de prendre son congé annuel au cours de l’année au titre de laquelle il lui est dû pour ces motifs, il bénéficie d’une période de report de 15 mois. Cette période débute à compter de la date de reprise des fonctions. Pour les congés annuels acquis pendant un congé pour raison de santé ou un congé lié aux responsabilités parentales ou familiales, la période de report débute, au plus tard, à la fin de l’année au titre de laquelle le congé annuel est dû (D. n° 2025-564, 21 juin 2025, art. 4 ; D. n° 85-1250, 26 nov. 1985, nouvel art. 5-1).Le report est limité aux droits non utilisés relevant des 4 premières semaines de congé annuel par période de référence, à l’exclusion du cas où le fonctionnaire bénéficie d’un report du fait d’un congé lié aux responsabilités parentales ou familiales (dans ce cas, la limitation des 4 semaines ne s’applique pas) (D. n° 2025-564, 21 juin 2025, art. 4, D. n° 85-1250, 26 nov. 1985, nouvel art. 5-1).Lorsque le fonctionnaire territorial n’a pas été en mesure de prendre son congé annuel avant la fin de la relation de travail, les droits non utilisés donnent lieu à une indemnité compensatrice. Cette indemnité ne compense que les droits non utilisés relevant des 4 premières semaines de congé annuel par période de référence, à l’exclusion des droits non consommés du fait d’un congé lié aux responsabilités parentales ou familiales (dans ce cas, la limitation des 4 semaines ne s’applique pas). Les modalités de calcul de cette indemnité seront précisées par arrêté du ministre chargé de la Fonction publique, du ministre chargé des Collectivités territoriales et du ministre chargé du Budget (D. n° 2025-564, 21 juin 2025, art. 4 ; D. n° 85-1250, 26 nov. 1985, nouvel art. 5-2).A noterSelon les dispositions de l’arrêté du 21 juin 2025, les modalités de calcul de l’indemnité compensatrice sont les suivantes :L’indemnité est calculée sur la base de la dernière rémunération mensuelle brute de l’agent, perçue pour un mois d’exercice complet. Cette rémunération tient compte des évolutions intervenues jusqu’à la fin de la relation de travail.Sont inclus dans cette rémunération brute le traitement indiciaire, l’indemnité de résidence, le supplément familial de traitement ainsi que les primes et indemnités prévues par la loi ou le règlement.Sont exclus de l’assiette de calcul :les versements exceptionnels ou occasionnels (liés à la manière de servir, primo-affectations, mobilités, etc.) ;les remboursements de frais ;les participations à la protection sociale complémentaire ;les indemnités liées à une activité accessoire ou non directement liées à l’emploi ;les versements liés à un fait générateur unique ;les indemnités liées à l’organisation du travail ou au dépassement du cycle de travail, à l’exception des indemnités pour heures supplémentaires annualisées qui, elles, sont incluses.La rémunération mensuelle brute prise en compte pour le calcul de l’indemnité compensatrice de congé annuel non pris en fin de relation de travail correspond à la dernière rémunération versée au titre de l’exercice effectif des fonctions sur un mois d’exercice complet. Le cas échéant, cette rémunération tient compte des évolutions de la situation statutaire ou indemnitaire de l’agent qui sont intervenues entre la dernière date d’exercice effectif des fonctions et la date de fin de relation de travail. Elle intègre le traitement indiciaire, l’indemnité de résidence, le supplément familial de traitement et les primes et indemnités instituées par une disposition législative ou réglementaire, à l’exception des exclusions prévues à l’article 2 de l’arrêté du 21 juin 2025.Dans l’hypothèse où l’un de vos agents n’a pas eu la possibilité de prendre l’ensemble de ses congés annuels pour cause de maladie (à la fin de l’année de référence), la circulaire du 8 juillet 2011 précise qu’il appartient à l’autorité territoriale d’accorder automatiquement le report du congé annuel restant dû au titre de l’année écoulée.La circulaire reprend partiellement le raisonnement de la Cour de justice de l’Union européenne sur l’interprétation de l’article 7 de la directive 2003/88/CE du Parlement européen et du Conseil du 4 novembre 2003 relative à certains aspects de l’aménagement du temps de travail (CJUE, 20 janv. 2009, n° C-350/06). La directive s’oppose à des dispositions ou à des pratiques nationales qui prévoient que le droit au congé annuel payé s’éteint à l’expiration de la période de référence et/ou d’une période de report fixée par le droit national, même lorsque le travailleur a été en congé de maladie durant toute la période de référence.

Fichepratique

Sommaire

1. Respecter le cadre général de la prise des congés annuels
2. Fixer l’ordre des départs et les dates de congés

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Comment planifier les congés annuels et RTT dans la fonction publique territoriale

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Mis à jour le 28 août 2025 par Dominique Volut | Référence : 2610

L'essentiel par l'éditeur

La planification des congés annuels et RTT dans la fonction publique territoriale est encadrée par le décret n° 85-1250 du 26 novembre 1985. L'autorité territoriale doit respecter les priorités familiales et l'intérêt du service. Les congés non autorisés peuvent entraîner des sanctions. Les congés annuels ne peuvent être interrompus par des autorisations d'absence, mais peuvent l'être par un congé maladie selon l'intérêt du service. Le report des congés est possible sous conditions, avec une indemnité compensatrice pour les congés non pris.

Comment l'autorité territoriale doit-elle planifier les congés annuels dans la fonction publique ?
Quels sont les critères de priorité pour l'attribution des congés annuels ?
Est-il possible de reporter les congés annuels d'une année sur l'autre ?

Les congés (congés annuels et/ou jours ARTT) correspondent à une période d’absence autorisée pendant laquelle l’agent est dispensé d’exercer ses fonctions tout en conservant ses droits à rémunération et ceux liés à la carrière.

Ces périodes d’absence autorisées par le supérieur hiérarchique doivent satisfaire à plusieurs critères et nécessitent une connaissance des dispositions réglementaires en vigueur.

Quels sont les critères à respecter dans la fixation des dates des congés annuels de vos agents ? Que faire dans l’hypothèse d’un désaccord avec l’un de vos agents ? Les représentants du personnel doivent-ils être consultés ? Si vous envisagez la fermeture des services de votre collectivité, pouvez-vous imposer la prise des congés pendant la période de fermeture ?

Respecter le cadre général de la prise des congés annuels

Le calendrier des dates envisagées de prise des congés par vos agents est déterminé par l’autorité territoriale, selon les besoins du service. Le décret n° 85-1250 du 26 novembre 1985 modifié relatif aux congés annuels des fonctionnaires territoriaux établit un certain nombre de règles.

Si l’autorité territoriale dispose d’une certaine latitude pour fixer le calendrier des congés de ses agents, certaines dispositions du décret précité encadrent son action.

Il faut rappeler que les congés annuels sont considérés comme l’un des droits référencés du fonctionnaire et des agents publics dans le Code général de la fonction publique. De ce fait, l’autorité territoriale doit prioriser certains agents par rapport à d’autres dans la validation finale du calendrier des congés annuels (CE, 30...

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