Que se passe-t-il en cas d’attribution d’un congé de longue maladie ?

Si la demande de congé de longue maladie est présentée alors que le fonctionnaire est en congé de maladie ordinaire pour la même affection, la première période de CLM part du jour de la première constatation médicale de cette affection (D. n° 87-602, 30 juill. 1987, art. 25). Cela signifie qu’après avis favorable du conseil médical pour la reconnaissance du CLM, le premier jour de ce dernier correspondra au premier jour de placement en congé de maladie ordinaire. Vous aurez, dans ce cas, à l'époque, appliqué une journée de carence. Le CLM n’étant pas concerné par les dispositions de la loi n° 2017-1837 du 30 décembre 2017, vous devrez opérer un remboursement de cette journée de carence prélevée à tort. Il en va de même pour un congé de longue durée ou en cas de requalification d’un arrêt de maladie ordinaire en accident de service ou en maladie professionnelle.

Comment appliquer le jour de carence aux agents à temps partiel et aux agents à temps non complet ?

Dans ces 2 cas, l’assiette que vous retiendrez et à laquelle vous appliquerez une retenue d’1/30e correspond à la rémunération proratisée afférente au taux d’emploi ou à l’emploi concerné. Vous tiendrez compte des éléments de base retenus ou exclus de l’assiette dans les mêmes conditions que pour un temps complet.

Que faire lorsqu’un agent a repris une journée avant de transmettre un nouvel arrêt ?

En principe, vous êtes en présence de 2 arrêts initiaux qui devraient donner lieu à l’application d’un jour de carence pour chacun des 2 arrêts. Cependant, la circulaire d’application, dans un souci de favoriser les tentatives de reprise, préconise à l’employeur de considérer le second arrêt comme une rechute constituant une prolongation de l’arrêt initial. La non-application du jour de carence pour ce second arrêt constitue « une mesure de bienveillance ».

Fichepratique

Sommaire

1. Connaître le périmètre d’application de la journée de carence
2. Les incidences de la journée de carence sur la rémunération de l’agent

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Fiches associées (2)

Appliquer le jour de carence dans la fonction publique territoriale suite à la loi du 30 décembre 2017

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Mis à jour le 11 juin 2026 par Ulrich Hourlier | Référence : 4339

L'essentiel par l'éditeur

La loi du 30 décembre 2017 impose un jour de carence pour les agents publics en cas de maladie ordinaire, sauf exceptions comme les congés de longue maladie ou maternité. Ce jour de carence, appliqué depuis le 1er janvier 2018, impacte la rémunération en déduisant un trentième du salaire. Les agents contractuels sont également concernés. Les arrêts prolongés ne subissent qu'un seul jour de carence. Les cotisations sociales ne s'appliquent pas sur ce jour, mais il est pris en compte pour la retraite.

Quels agents sont concernés par le jour de carence dans la fonction publique ?
Comment le jour de carence impacte-t-il la rémunération des agents publics ?
Quelles sont les exceptions à l'application du jour de carence ?

Mis en place au 1^er janvier 2012 puis supprimé au 1^er janvier 2014, le jour de carence a été réintroduit dans la fonction publique le 1^er janvier 2018 par la loi de finances pour 2018 sur la base du même dispositif que le précédent.

Le jour de carence est ainsi appliqué aux arrêts pour congé de maladie ordinaire.

Quels sont les agents concernés ? Dans quels cas la journée de carence doit-elle être mise en œuvre ? Quelles en sont les conséquences ?

Connaître le périmètre d’application de la journée de carence

Cadre législatif de référence

L’article L. 822-2 du Code général de la fonction publique (CGFP) prévoit que « la durée totale des congés de maladie peut atteindre un an pendant une période de douze mois consécutifs ». L’article L. 822-3 précise quant à lui que le fonctionnaire en congé de maladie perçoit pendant 3 mois 90% de son traitement et, pendant les 9 autres mois, la moitié de son traitement.

A noter

Le versement du traitement à hauteur de 90% pendant les 3 premiers mois est une disposition entrée en vigueur pour les arrêts accordés à compter du 1^er mars 2025. Pour les arrêts antérieurs, l’agent perçoit un plein traitement.

En cas de fractionnement des arrêts de maladie pendant la période de 12 mois, la circulaire ministérielle du 13 mars 2006 rappelle que le décompte des ...

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