Le fonctionnaire peut-il contester un refus d’octroi d’un congé de maladie ?

L’agent peut présenter au juge des référés une demande tendant à ce que soit ordonnée une expertise médicale aux fins de déterminer son état de santé à la date de la décision contestée et notamment son aptitude à reprendre son service (CE, 22 juill. 1992, n° 129264).L’agent peut aussi saisir le conseil médical des conclusions du médecin ayant procédé à la contre-visite (D. n° 86-442, 14 mars 1986, art. 25). Toutefois, dans le cadre de l’octroi d’un congé pour raison de santé ou de la réintégration à l’issue de ces congés, cette contestation n’est pas possible si l’avis du conseil médical en formation restreinte a été pris conformément aux conclusions rendues par le médecin agréé.

Quelle est la conséquence d’un congé de maladie ordinaire pendant la période de stage ?

L’agent qui a bénéficié, pendant sa période de stage, de congés pour maladie d’une durée cumulée de plus d’un dixième de la durée de stage prévue (soit 36 jours pour une période de stage d’un an) voit celle-ci prolongée (CGFP, art. R. 327-59).

Quelle rémunération doit percevoir un agent qui a épuisé ses droits à maladie ordinaire et pour lequel l’avis du conseil médical a été sollicité ?

À l’expiration des droits statuaires à congé de maladie, le décret n° 2011-1245 du 5 octobre 2011 étend le bénéfice du maintien du demi-traitement aux fonctionnaires territoriaux dans l’attente de l’avis du conseil médical jusqu’à la date de la décision de reprise de service, de réintégration, de reclassement, de mise en disponibilité ou d’admission à la retraite.

Quelle est la conséquence du maintien indu du traitement ?

Si le versement du traitement a été maintenu à un fonctionnaire placé en congé de maladie à demi-traitement, il appartient à l’administration de corriger cette erreur et de réclamer le reversement des sommes payées à tort (CE, 16 févr. 2011, n° 332162).

Une collectivité peut-elle délibérer pour ne pas appliquer le jour de carence pour ses agents ?

Non, l’application du jour de carence est une mesure prévue par la loi. La disposition s’applique donc obligatoirement à l’ensemble de la fonction publique. Par conséquent, l’instauration d’un jour de carence au sein d’une collectivité ou d’un établissement public ne relève pas de l’organe délibérant ou de l’autorité territoriale.

Quels sont les agents concernés par l’application du jour de carence ?

L’ensemble des fonctionnaires stagiaires et titulaires (CNRACL et Ircantec) ainsi que les agents contractuels de droit public, quel que soit le motif ou la durée de leur contrat, se voient appliquer un jour de carence. Les agents de droit privé employés au sein des collectivités et les assistants maternels et familiaux sont exclus de l’application du jour de carence.

Fichepratique

Sommaire

1. Conditions d’attribution
2. Le placement en congé de maladie ordinaire
3. La durée du congé de maladie ordinaire
4. La rémunération de l’agent
5. La situation de l’agent placé en congé de maladie ordinaire

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Congés

Congés pour maladie ordinaire (CMO) dans la fonction publique territoriale

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Mis à jour le 2 sept. 2026 | Coordonné par Marie Brêteau | Référence : 5888

L'essentiel par l'éditeur

Le congé pour maladie ordinaire (CMO) dans la fonction publique territoriale est accordé sous conditions strictes, notamment la transmission d'un certificat médical sous 48 heures. En cas de retard non justifié, une retenue sur salaire est appliquée. Le CMO peut durer jusqu'à 12 mois, avec 90 % du traitement pendant 3 mois, puis un demi-traitement. Un jour de carence s'applique, sauf exceptions. Les agents conservent leurs droits à l'avancement et à la retraite, mais ne peuvent exercer d'activité rémunérée pendant le CMO.

Quelles sont les conditions pour obtenir un congé de maladie ordinaire dans la fonction publique territoriale ?
Comment est calculée la rémunération pendant un congé de maladie ordinaire ?
Quelles sont les conséquences d'un retard dans la transmission du certificat médical pour un congé de maladie ?

Tout fonctionnaire en activité a droit à des congés de maladie dont la durée totale peut atteindre un an pendant une période de 12 mois consécutifs en cas de maladie dûment constatée mettant l’intéressé dans l’impossibilité d’exercer ses fonctions (CGFP, art. L. 822-1 et s.).

Cette fiche détaille les conditions d’attribution, le placement en congé de maladie ordinaire ainsi que les incidences de ce congé sur la situation administrative de l’agent, notamment en matière de rémunération.

Conditions d’attribution

L’attribution d’un congé de maladie ordinaire est soumise à deux conditions cumulatives :

Le fonctionnaire doit être en position d’activité et ne doit pas avoir épuisé la totalité de son droit à congé de maladie.
Le fonctionnaire doit transmettre dans un délai de 48 heures un certificat médical constatant qu’il est dans l’impossibilité d’exercer ses fonctions émanant d’un médecin, d’un chirurgien-dentiste ou d’une sage-femme.

Le retard apporté dans la transmission du certificat médical, s’il n’est pas dûment justifié par le fonctionnaire, autorise l’administration à constater que l’intéressé n’a accompli aucun service et à effectuer une retenue sur son traitement correspondant à la période d’absence injustifiée (CE, 5 juin 1985, n° 47777 ; CE, 8 avr. 1998, n° 132026).

L’article 15 ...

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