Dois-je déclarer mes indemnités journalières de Sécurité sociale en cas de subrogation ?

S’il en fait la demande, l’employeur peut maintenir votre rémunération brute. Il est alors subrogé de plein droit dans la perception de vos indemnités journalières de Sécurité sociale. Votre CPAM lui verse directement les IJSS, sans qu’une action à votre niveau ne soit nécessaire.

Fichepratique

Sommaire

1. Bénéficiaires
2. Champ et modalités d’application
3. Procédure de subrogation (CSS, art. R. 323-11)
4. Agent public contractuel rémunéré à l’indice majoré 375
5. Agent public contractuel rémunéré à la rémunération hors échelle HEB3, indice majoré 1072

FAQ
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Bulletins de salaire d’agents publics contractuels bénéficiant d’indemnités journalière de Sécurité sociale IJSS (réf : dtou11977)

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Indemnités journalières de Sécurité sociale

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Mis à jour le 11 mars 2026 | Coordonné par Michel Goury | Référence : 14629

L'essentiel par l'éditeur

Les agents publics contractuels peuvent interrompre leur activité pour maladie, maternité ou accident, entraînant une déclaration d'arrêt de travail à la Sécurité sociale. Ils bénéficient alors d'indemnités journalières versées par la CPAM, soit directement, soit via l'employeur en cas de subrogation. Ces indemnités, soumises à la CSG et CRDS, ne sont pas assujetties aux cotisations sociales. Les logiciels de paie doivent reconstituer le montant brut des IJSS pour éviter une double imposition.

Comment les agents publics contractuels sont-ils indemnisés en cas d'arrêt de travail ?
Quelles sont les implications fiscales des indemnités journalières de Sécurité sociale ?
Qu'est-ce que la subrogation dans le cadre des arrêts de travail des agents publics ?

L’activité des agents publics contractuels peut être interrompue du fait d’un arrêt de travail pour maladie, d’un temps partiel thérapeutique, d’une maladie professionnelle, d’un accident du travail ou de trajet, d’une période de maternité. Cette absence d’activité se concrétise par une déclaration d’un arrêt de travail de l’agent auprès de la Sécurité sociale maladie.

Des règles statutaires précises fixent alors le cadre de la protection sociale de ces personnels hospitaliers. Ces derniers sont ainsi soumis aux dispositions du régime général du Code de la Sécurité sociale.

La caisse primaire d’assurance maladie verse alors, sous certaines conditions, un revenu de remplacement lorsque les agents concernés sont obligés d’interrompre temporairement leur service.

Ce revenu de remplacement est alloué sous forme d’indemnités journalières permettant de subvenir aux besoins essentiels assurés par la rémunération. Il s’agit de prestations en espèces.

Bénéficiaires

Les prestations en espèces constituent la contrepartie patronale de la contribution au financement de l’assurance maladie des agents publics contractuels, des agents de droit privé et de certains personnels appartenant au corps médical hospitalier.

Agents publics contractuels :

les contractuels sur poste permanent ;
les contractuels sur poste de remplacement ;
les titulaires dont le temps de travail est inférieur à 28 heures hebdomadaires (ne sont pas affiliés à la CNRACL).

Agents de droit privé :

les apprentis ;
les contrats d’accompagnement dans l’emploi (CAE) ;
les contrats uniques d’insertion (CUI).

Personnel médical :

les étudiants en médecine, en odontologie, en pharmacie et en maïeutique ;
les docteurs juniors ;
les internes en médecine, en odontologie et en pharmacie ;
les faisant...

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