Comment sont versées les IJSS par la CPAM ?

Les IJSS sont versées par la CPAM tous les 14 jours, que cela soit à l’agent ou à l’employeur en cas de subrogation.

Comment gérer le prélèvement à la source (PAS) sur les IJSS subrogées ?

En dehors du cas particulier des IJSS temps partiel thérapeutique suite à un arrêt maladie, le PAS s’applique à l’ensemble des indemnités journalières et, en cas de subrogation, c’est à l’employeur d’assurer le prélèvement. Toutefois, il est prévu, par exemple, que celui-ci ne s’opère que pour les deux premiers mois pour les IJSS maladie (cf.Mettre en place le prélèvement à la source sur le bulletin de paie).Par ailleurs, il conviendra toutefois de vérifier qu’il ne s’agit pas d’IJSS versées au titre d’une affection de longue durée car celles-ci ne sont pas imposables.Les IJSS ne doivent jamais être intégrées dans le net imposable, c’est la CPAM qui s’en charge.

Les IJSS subrogées doivent-elles être intégrées dans le montant net social ?

Les IJSS subrogées doivent être prises en compte dans le calcul du montant net social.

Fichepratique

Sommaire

1. Identifier les agents concernés
2. Appliquer la subrogation
3. Intégrer les IJSS sur le bulletin de salaire
4. Connaître les différents modes de calcul des IJSS reconstituées

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Protection sociale

Intégrer les IJSS sur le bulletin de salaire

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Mis à jour le 9 janv. 2026 par Ulrich Hourlier | Référence : 6360

L'essentiel par l'éditeur

L'intégration des IJSS sur le bulletin de salaire des agents publics garantit une gestion précise des indemnités journalières, évitant la double déclaration fiscale et le prélèvement erroné de cotisations. La subrogation permet à l'employeur de percevoir les IJSS, qui doivent être réintégrées pour assurer le maintien du salaire net. Les calculs complexes des IJSS brutes nécessitent un logiciel de paie adapté, surtout pour les rémunérations dépassant le plafond de Sécurité sociale.

Comment intégrer les IJSS sur le bulletin de salaire des agents publics ?
Quelles sont les obligations de l'employeur en cas de subrogation des IJSS ?
Comment calculer les IJSS brutes à partir des IJSS nettes ?

Un agent contractuel de votre collectivité est en arrêt maladie et vous appliquez la subrogation. Vous percevez donc directement les indemnités journalières de la Sécurité sociale (IJSS).

Subrogation ou pas, vous avez l’obligation d’intégrer ces IJSS sur le bulletin de salaire de l’agent afin de régulariser les cotisations applicables, d’impacter la situation fiscale et de maintenir la rémunération nette de l’agent.

Cette fiche traite plus particulièrement de la situation des fonctionnaires affiliés au régime général et des agents contractuels de droit public.

Identifier les agents concernés

Au sein de la fonction publique territoriale, sont affiliés au régime général de Sécurité sociale les agents suivants :

les fonctionnaires titulaires et stagiaires à temps non complet dont le temps de travail hebdomadaire est inférieur à 28 heures ;
les agents titulaires et stagiaires relevant des cadres d’emplois des professeurs d’enseignement artistique et des assistants d’enseignement artistique dont le temps de travail est inférieur respectivement à 12 heures et 15 heures hebdomadaires ;
les agents contractuels de droit public.

Les fonctionnaires affiliés au régime général

Ces fonctionnaires sont affiliés au régime général et bénéficient donc de la protection sociale de ce régime avec le versement d’indemnités journalières de la part de la caisse primaire d’assurance maladie (C...

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