L’enseignant recruté en CEF est placé sous la responsabilité fonctionnelle du directeur du CEF et sous celle hiérarchique de l'Inspecteur de l'Éducation nationale - chargé de l'adaptation scolaire et de la scolarisation des élèves handicapés (IEN-ASH) qui assure son évaluation. L'organisation de son service est soumise à l'accord de cette double tutelle.