Les IJSS versées pour temps partiel thérapeutique sont-elles soumises au prélèvement à la source ?

Jusqu’au 31 décembre 2023, il n’y avait pas lieu d’effectuer de prélèvement à la source sur les IJSS pour temps partiel thérapeutique. À compter du 1er janvier 2024, le prélèvement à la source est opéré sur les IJSS pour temps partiel thérapeutique consécutives à un accident du travail ou une maladie professionnelle.

Comment est fixée la quotité pour un agent à temps non complet ?

La quotité de temps de travail d’un agent à temps non complet bénéficiant d’un temps partiel thérapeutique est fixée par référence à la durée de l’emploi qu’il occupe. En cas de pluralité d’emplois pour les fonctionnaires intercommunaux, la quotité de temps de travail est répartie entre les emplois occupés par les autorités territoriales intéressées. S’il y a désaccord, la répartition a lieu au prorata du temps de travail de chaque emploi occupé.

Le régime indemnitaire est-il proratisé en cas de temps partiel ?

Au titre du principe de parité avec la fonction publique d’État, le régime indemnitaire peut être maintenu en intégralité dès lors que la délibération le prévoit.

Comment sont versées les IJSS par la CPAM ?

Les IJSS sont versées par la CPAM tous les 14 jours en moyenne, que cela soit à l’agent ou à l’employeur en cas de subrogation.

Fichepratique

Sommaire

1. Agents concernés
2. Dispositions relatives au temps partiel thérapeutique
3. Rémunération de l’agent pendant le temps partiel thérapeutique

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Calculer le salaire d’un agent du régime général en temps partiel thérapeutique

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Mis à jour le 29 mai 2026 par Ulrich Hourlier | Coordonné par Ulrich Hourlier | Référence : 6356

L'essentiel par l'éditeur

Le calcul du salaire d'un agent du régime général en temps partiel thérapeutique repose sur des dispositions spécifiques du Code de la Sécurité sociale et des décrets applicables aux fonctionnaires territoriaux et contractuels. Les agents peuvent bénéficier d'indemnités journalières de Sécurité sociale (IJSS) pour compenser la perte de salaire, avec un pourcentage d'activité fixé par le médecin. L'attestation de salaire est essentielle pour percevoir les IJSS, et le prélèvement à la source s'appliquera à partir de 2024.

Quels sont les critères pour bénéficier du temps partiel thérapeutique dans la fonction publique territoriale ?
Comment est calculée la rémunération d'un agent en temps partiel thérapeutique ?
Le prélèvement à la source s'applique-t-il aux IJSS pour temps partiel thérapeutique ?

Les agents contractuels et certains agents titulaires et stagiaires à temps non complet relèvent, en matière de Sécurité sociale, du régime général. C’est notamment le cas pour les risques maladie, maternité, accident du travail et maladie professionnelle.

À l’issue d’un congé de maladie, d’un accident de travail ou dans le cadre d’un maintien au travail, le médecin traitant de l’agent peut lui prescrire un temps partiel thérapeutique afin de lui permettre de reprendre progressivement son activité.

Les règles applicables sont alors celles du régime général de Sécurité sociale et l’agent pourra bénéficier de sa rémunération, complétée du maintien total ou partiel des indemnités journalières de Sécurité sociale.

Agents concernés

Dans la fonction publique territoriale, relèvent du régime général de Sécurité sociale :

les agents titulaires et stagiaires dont le temps de travail est inférieur à 28 heures hebdomadaires (respectivement 15 heures et 12 heures pour les cadres d’emplois des assistants d’enseignement artistique et des professeurs d’enseignement artistique) ;
les agents contractuels.

La protection sociale des fonctionnaires relevant du régime général est régie par le décret n° 91-298 du 20 mars 1991 modifié relatif aux agents à temps non complet. L’article 35 de ce décret exclut cette catégorie de fonctionnaires des dispositions relatives au temps partiel thérapeutique prévu pour les fonctionnaires à temps complet et à temps non complet (dont le temps de travail hebdomadaire est au moins éga...

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