Le contrôleur général accomplit sa mission en toute indépendance et ne reçoit d’instructions d’aucune autorité. Durant son mandat (6 ans), il ne peut être révoqué ; aussi, ces caractéristiques en font un personnage que ne peut être poursuivi à raison des opinions qu’il émet ou des actes qu’il accomplit dans l’exercice de ses fonctions.
Le CGLPL effectue ses visites dans tout lieu de privation de liberté, de manière inopinée ou programmée quelques jours avant l’arrivée dans l’établissement. Parfois le choix d’un établissement peut être déterminé en fonction d’informations transmises par toute personne ayant connaissance du lieu, les personnels ou les personnes privées de liberté elles-mêmes ; parfois il décide lui-même du lieu d’intervention. Ses visites s’organisent sur deux semaines avec une équipe de deux à cinq contrôleurs, voire plus selon la taille de l’établissement, qui se rend sur le terrain. Durant ces visites, l’équipe doit avoir un accès libre à toutes les parties des établissements sans restriction, de jour comme de nuit, et sans être accompagnée par un membre du personnel. De même, l’ensemble de la documentation nécessaire à leur mission, excepté celle qui relève du secret professionnel. Les membres de l’équipe ont également le droit de s’entretenir de manière confidentielle avec tout patient ainsi qu’avec tous les personnels qu’ils estimeraient nécessaire d’entendre.