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Connaître le dispositif Natura 2000

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Mise à jour le 11 juil. 2025 | Référence : 7119

L'essentiel par l'éditeur

Le dispositif Natura 2000 vise à protéger les habitats naturels et les espèces menacées à travers des zones spéciales de conservation (ZSC) et des zones de protection spéciale (ZPS). La désignation de ces sites repose sur des critères scientifiques rigoureux et implique une gestion concertée avec les collectivités locales. Les sites Natura 2000 bénéficient de mesures de conservation spécifiques et d'un suivi régulier pour assurer la préservation de la biodiversité. Les projets susceptibles d'affecter ces sites doivent faire l'objet d'une évaluation des incidences.

  • Qu'est-ce que le dispositif Natura 2000 et comment fonctionne-t-il ?
  • Comment un site Natura 2000 est-il désigné et géré en France ?
  • Quels sont les critères pour l'évaluation des incidences sur les sites Natura 2000 ?

Le réseau Natura 2000 est un ensemble de sites naturels européens, terrestres et marins, identifiés pour la rareté ou la fragilité des espèces sauvages, animales ou végétales, et de leurs habitats. Natura 2000 est un programme européen construit autour de deux directives :

  • la directive « oiseaux » (1979, révisée en 2009 par la directive 2009/147/CE du 30 novembre 2009) qui impose de protéger les espèces, mais aussi les espaces nécessaires à la vie des oiseaux protégés dont la liste figure en annexe de la directive. Elle a ainsi créé les zones de protection spéciale (ZPS). Cette directive « oiseaux » prévoit que les États membres classent les territoires les plus appropriés en nombre et en superficie à la conservation des espèces d’oiseaux mentionnées dans son annexe I et des espèces migratrices non visées à celle-ci dont la venue est régulière ;
  • la directive « habitats, faune, flore » (directive 92/43/CEE du Conseil du 21 mai 1992, concernant la conservation des habitats naturels ainsi que de la faune et de la flore sauvages) qui oblige les États membres à réaliser une opération d’inventaire scientifique permettant de mieux connaître le patrimoine naturel de chaque État au regard de critères fixés par la directive. À partir de cet inventaire, l’État doit sélectionner parmi ces sites présentant un intérêt écologique les plus représentatifs ou les plus intéressants pour les habitats ou les espèces de la directive. Cette directive a également créé les zones spéciales de conservation (ZSC) qui portent sur la protection des habitats naturels, de la faune et de la flore sauvages.

Cette directive prévoit ainsi la création du réseau européen Natura 2000, intégrant à la fois les ZPS et les ZSC, qui en constituent les deux piliers. L’objet de ces deux directives est de lutter contre l’érosion de la biodiversité sur le continent européen en préservant les espèces animales et végétales menacées et leurs habitats.

L’objectif fondé sur les directives oiseaux et habitats, faune, flore est triple :

  • la préservation de la diversité biologique et du patrimoine naturel ;
  • la prise en compte des exigences économiques, sociales et culturelles, ainsi que des particularités régionales de la nature ;
  • la conciliation des activités humaines (agriculture, tourisme, etc.) et des objectifs de préservation.

Ces deux directives imposaient une obligation de résultat au regard des objectifs à atteindre tout en permettant aux États membres une liberté sur les moyens notamment juridiques pour y parvenir. Ces textes ont été transposés en droit français, notamment par l’ordonnance n° 2001-321 du 11 avril 2001 qui donne le cadre juridique général. Le décret n° 2001-1031 du 8 novembre 2001 traite des procédures de désignation des sites Natura 2000 et le décret n° 2001-1216 du 20 décembre 2001, modifié par le décret n° 2006-922 du 26 juillet 2006, porte sur la gestion des sites. Ces dispositions légales ont été intégrées au Code de l’environnement dont les articles L. 414-1 à L. 414-7 et R. 414-1 à R. 414-29 sont consacrés à la désignation et à la gestion des sites Natura 2000 en France.

Le réseau Natura 2000 français couvre 6,8 millions d’hectares et est divisé en 4 régions biogéographiques (sur les 9 que compte l’Europe des 27). Il est constitué de 1 761 sites situés en métropole, « couvrant environ 13 % de la surface terrestre et 35 % de la zone économique exclusive métropolitaine », précise le ministère de la Transition écologique et de la Cohésion des territoires (chiffres arrêtés au 31 décembre 2024).

En France, la gestion de ces sites naturels est confiée à une collectivité territoriale volontaire. En l’absence de collectivité volontaire, la compétence est exercée par le préfet ou les régions. Depuis la loi n° 2022-217 du 21 février 2022, dite « loi 3DS », qui a opéré un changement majeur pour le pilotage des sites Natura 2000, cette compétence est transférée aux régions pour les sites terrestres, l’État poursuivant la gestion des sites marins, des sites mixtes, de la désignation de nouveaux sites ou de leur extension, du volet strictement agricole, ainsi que des évaluations d’incidences sur les sites.

1.

Zones spéciales de conservation et zones de protection spéciale

Les zones spéciales de conservation (ZSC)

Les ZSC sont des sites marins et terrestres à protéger comprenant :

  • soit des habitats naturels menacés de disparition ou réduits à de faibles dimensions ou offrant des exemples remarquables des caractéristiques propres aux régions alpine, atlantique, continentale et méditerranéenne ;
  • soit des habitats abritant des espèces de faune ou de flore sauvages rares ou vulnérables ou menacées de disparition ;
  • soit des espèces de faune ou de flore sauvages dignes d’une attention particulière en raison de la spécificité de leur habitat ou des effets de leur exploitation sur leur état de conservation ;

Les zones de protection spéciale (ZPS) ( dir. n° 2009/147/CE, 30 nov. 2009, art. 4-1 )

Ces zones qu’ont dû créer les États membres depuis 1979 v...

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