L’agent qui bénéficie d’un congé pour maladie professionnelle conserve l’intégralité de son traitement financier. Il en est de même dans le cas d’une éventuelle rechute.
Le congé n’est soumis à aucune limitation de durée : il est prolongé jusqu’à la reprise des fonctions de l’agent ou jusqu’à sa mise à la retraite (en cas d’inaptitude définitive à l’exercice des fonctions, sans qu’un reclassement n’ait été possible).
En général, pour le régime de la fonction publique territoriale, les procédures font appel à la commission de réforme départementale qui retient, ou non, la notion de maladie contractée (ou aggravée) en service.
Pour ce faire, la commission de réforme départementale s’appuie sur les tableaux des maladies professionnelles des régimes général et agricole de la Sécurité sociale, où certains types de cancer sont considérés comme professionnels (exemples : l’amiante, la poussière de bois…).