Les jours de week-end sont-ils à comptabiliser dans les jours à plein traitement, 90 % et demi-traitement, alors même que l’agent n’est pas censé travailler ?

Le traitement mensuel d’un agent public a un caractère forfaitaire. Ainsi, il y a lieu de comptabiliser les jours entre le 1er et le dernier jour, même si durant certains jours l’agent n’avait pas à accomplir son service, ce qui est souvent le cas pour le week-end.En revanche, si l’agent a un arrêt jusqu’au vendredi et une reprise prévue le lundi, il n’y a pas lieu de lui comptabiliser le week-end dans le calcul de son traitement puisqu’il n’est pas inclus dans l’arrêt maladie.

Puis-je me faire rembourser la rémunération des agents en arrêt maladie ?

Pour les agents relevant du régime général, qui bénéficient par ailleurs d’une protection sociale de la CPAM, les prestations en espèces versées par cette dernière viennent en déduction ou en complément de la protection statutaire. Vous percevrez les IJSS à la place de l’agent en cas de subrogation ou vous viendrez les déduire de la rémunération.En revanche, pour les agents fonctionnaires CNRACL, si vous ne vous êtes pas garanti pour ce risque auprès d’un assureur, vous assumerez financièrement la protection sociale.

Quelle rémunération dois-je verser à l'agent qui a épuisé ses droits statutaires mais dont on attend une décision de l'administration ?

Le décret n° 2011-1245 du 5 octobre 2011 a modifié le décret n° 87-602 du 30 juillet 1987. Désormais les fonctionnaires qui auront épuisé leurs droits statutaires à congé de maladie ordinaire, de longue maladie ou de longue durée et qui sont en attente d'un avis du conseil médical pourront continuer à percevoir un demi-traitement jusqu'à la décision d'admission à la retraite mais aussi de reprise de service, de reclassement ou de mise en disponibilité.Auparavant, ce demi-traitement n'était maintenu que pour les agents en attente d'une décision de mise à la retraite pour invalidité.

Fichepratique

Sommaire

1. Déterminer les droits en cas de congé pour raison de santé
2. Savoir calculer le traitement à 90 % et le demi-traitement à verser aux agents en congé maladie
3. Déterminer les éléments de rémunération à proratiser et de quelle manière

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Calculer le salaire en cas de congé pour raison de santé

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Mis à jour le 17 sept. 2026 par Ulrich Hourlier | Coordonné par Florian Glay | Référence : 2353

L'essentiel par l'éditeur

Les droits des agents publics en congé pour raison de santé varient selon leur statut. Les fonctionnaires affiliés au régime spécial bénéficient de congés de longue maladie et de longue durée, tandis que les contractuels relèvent du régime général. Depuis mars 2025, la rémunération en congé de maladie ordinaire est passée de 100 % à 90 % pour les trois premiers mois. Les jours de congé sont calculés en jours calendaires, mais payés en trentièmes. Les primes et indemnités sont ajustées selon le traitement perçu.

Quels sont les droits des fonctionnaires en congé pour raison de santé ?
Comment est calculée la rémunération des agents en congé maladie ?
Quelles sont les nouvelles règles de rémunération pour les congés maladie à partir de 2025 ?

Un agent de votre collectivité est absent pour cause d’arrêt maladie et vous vous interrogez sur la rémunération que vous devez lui verser pendant cette période.

Quels sont les droits des agents publics en matière de congé pour raison de santé ? Les fonctionnaires et les contractuels bénéficient-ils des mêmes dispositions ? Quels sont les éléments de rémunération impactés ? Comment appliquer les dernières mesures relatives au congé maladie ordinaire entrées en vigueur au 1^er mars 2025 ?

Déterminer les droits en cas de congé pour raison de santé

Les droits en matière de congé pour raison de santé d’un agent public dépendent du statut de ce dernier.

Fonctionnaires relevant du régime spécial de Sécurité sociale et de la CNRACL	Fonctionnaires relevant du régime général et de l’Ircantec	Contractuels de droit public
- congé de maladie ordinaire (CMO) - congé de longue maladie (CLM) - congé de longue durée (CLD)	- CMO - congé de grave maladie (CGM)	- CMO - CGM

Conditions d’affiliation au régime spécial de Sécurité sociale

Les fonctionnaires à temps complet relèvent obligatoirement du régime spécial de Sécurité sociale.

En revanche, pour les fonctionnaires à temps non complet, ils doivent effectuer au minimum 28 heures hebdomadaires, tous emplois confondus, pour bénéficier du régime spécial (respectivement 12 et 15 heures pour les...

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