Est-il possible de prendre des congés payés après des congés de longue maladie dans la fonction publique ?

Les agents publics absents pour raison de santé, notamment en congé de longue maladie (CLM) ou de congé de longue durée (CLD), se demandent souvent si leurs congés payés sont perdus. La réglementation offre des garanties importantes, encore souvent méconnues des services RH et des agents.

Conditions et modalités de report des congés annuels

Les congés annuels non pris à cause d’un congé pour raison de santé sont automatiquement reportés, dans la limite de 4 semaines, sur une période de 15 mois. Ce report concerne aussi bien les congés acquis avant que pendant le congé maladie.

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Rémunération pendant CLM et CLD

– CLM (jusqu’à 3 ans) : maintien du plein traitement la 1re année, puis à demi‑traitement les deux années suivantes.
– Depuis le 1er septembre 2024, dans la FPE, la rémunération est de 100 % du traitement indiciaire + 33 % du régime indemnitaire la 1re année, puis 60 % des deux les années suivantes.

Obligations administratives et gestion RH

L’agent doit informer son administration, répondre aux convocations du conseil médical, et fournir un certificat médical à la reprise des fonctions. Si les congés reportés ne sont pas pris dans le délai imparti, ils sont perdus sauf départ définitif (indemnité compensatrice prévue jusqu’à 4 semaines).

Enjeux pour l’administration

Les services RH doivent assurer le suivi des droits à congés pour éviter les pertes pour l’agent. Le report automatique allège la peine administrative mais nécessite une organisation claire autour des plannings et du CET. La connaissance de ces règles est clé pour maintenir la motivation des agents en situation de fragilité.