Vincent Peillon considère que la nouvelle gouvernance « est un mauvais coup contre l’organisation d’un système éducatif qui doit être centré sur la pédagogie ». Il entend, de ce fait, redonner une dimension pédagogique aux recteurs. Lors d’une réunion avec ces derniers, il leur a par ailleurs précisé qu’il n’attendait pas d’eux d’être des « super administrateurs ».
Une remise à plat de ce nouveau système est ainsi envisagée, ainsi que le ministre l’a confié, par la voie de son conseiller social, au SIA-Unsa Education le 27 juin 2012.