Le rapport de la Cour des comptes rendu public par Les Échos pointe aussi des dépenses de fonctionnement excessives par les collectivités territoriales. Le document remarque à ce sujet que la masse salariale des collectivités a progressé de 3,3 % entre 2012 et 2013 malgré une relative stagnation des effectifs et que les collectivités pratiquent une gestion des ressources humaines peu économe.
Sont également relevés le non respect de la réglementation sur les régimes indemnitaires, un recours aux heures supplémentaires mal maitrisé, un temps de travail effectué par les agents inférieur au nombre d’heures réglementaires et un absentéisme important de 21 journées par an.