Les centres de vaccination gérés par les collectivités désormais soumis à habilitation par les ARS

Actuellement, le pilotage et le financement des centres de vaccination relèvent de plusieurs acteurs institutionnels. Coexistent des centres de vaccination gérés par des collectivités territoriales (départements ou communes), financés par la dotation générale de décentralisation (DGD) ou la dotation globale de fonctionnement (DGF), et conventionnés avec les ARS, ainsi que des centres habilités par les ARS et financés par le Fonds d’intervention régional (FIR). Cette situation sera bientôt révolue. En effet, par la loi de financement de la sécurité sociale pour 2026, le gouvernement a décidé de modifier l’organisation du dispositif des centres de vaccination afin de mieux l’adapter aux enjeux de santé publique et d’en renforcer le pilotage par les Agences régionales de santé (ARS).

Une réforme effective au 1^er janvier 2027

À compter du 1^er janvier 2027, la réforme prévoit un pilotage unifié des centres de vaccination à l’échelle régionale associé à un mode de financement simplifié et harmonisé sur l’ensemble du territoire assuré uniquement par le FIR, à l’exclusion de toute autre source de financement. Une instruction du 27 février 2026 décrit les grandes étapes de la mise en œuvre de la réforme de recentralisation du pilotage et du financement des centres de vaccination par les ARS durant l’année 2026. Un décret du 9 septembre 2026 (paru au Journal officiel du 10 septembre 2026) vient concrétiser cette réforme. Ce texte permet d’habiliter des collectivités territoriales comme centres de vaccination. Dans le même temps, il prolonge la durée de l’habilitation de 3 à 5 ans.

Un régime transitoire en 2026

Si l’entrée en vigueur de la réforme est fixée au 1^er janvier 2027, la loi a prévu une période transitoire au cours de l’année 2026. Le ministère de la Santé, des Familles, de l’Autonomie et des Personnes handicapées a ainsi confié aux ARS la mission d’organiser les modalités de sortie ou de poursuite de la gestion des centres de vaccination durant cette phase de transition, selon les deux situations possibles suivantes.

• Si la collectivité territoriale (département ou commune) souhaite garder la compétence de gestion d’un centre de vaccination, en le faisant savoir au besoin par une délibération, elle devait déposer, au plus tard le 30 juin 2026, un dossier de demande d’habilitation auprès du directeur général de l’ARS, dont le contenu est fixé par arrêté en application de l’article D. 3111-23 du Code de la santé publique (CSP). Le silence gardé par le directeur général de l’ARS sur la demande d’habilitation vaut acceptation à l’expiration d’un délai de 4 mois à compter de la date de réception du dossier complet de la demande.
• Si la collectivité territoriale souhaite abandonner la gestion du centre de vaccination, elle devait la notifier à l’ARS via une délibération du conseil départemental ou de la commune.

À l’issue de cette échéance, les ARS doivent disposer, depuis le 1^er juillet 2026, d’un état des lieux des collectivités poursuivant la gestion de centres de vaccination et de celles se désengageant du dispositif.

Pour les collectivités souhaitant conserver la compétence de vaccination, les ARS engagent, au cours du second semestre 2026, la procédure d’habilitation correspondante, afin d’être en mesure d’assurer une continuité d’activité au 1^er janvier 2027. Les ARS apprécient l’opportunité d’habiliter la collectivité en tant que centre de vaccination au regard de la qualité du dossier : analyse de l’activité, des rapports annuels et de la conformité au futur cahier des charges. Les Agences peuvent exprimer des attentes sur une évolution de l’activité de la collectivité au regard de la politique vaccinale locale. À l’inverse, si la collectivité se désengage, il revient alors aux ARS d’identifier et d’habiliter de nouveaux centres de vaccination sur leur territoire, via un appel à candidatures, le cas échéant.