Congés pour raison de santé : un nécessaire pilotage des arrêts maladie pour les employeurs publics

Le cadre réglementaire du décret n° 2026-705 du 29 juillet 2026

Pour les DRH, la réforme nécessite de revoir les procédures mais invite surtout à repenser l’accompagnement des absences longues et du retour à l’emploi. Le décret n° 2026-705 du 29 juillet 2026 constitue une évolution majeure dans la gestion des congés pour raison de santé des agents titulaires et contractuels des trois versants de la fonction publique. Ce décret transpose plusieurs règles déjà applicables aux salariés, notamment en matière de prescription.

Plafonnement des durées d’arrêt et nouvelles obligations de prescription

Un agent public ne pourra plus faire l’objet d’un arrêt initial d’une durée supérieure à 31 jours et d’une prolongation de 62 jours. Ces dispositions ne s’appliquent pas au territoire de Mayotte. Surtout, la prolongation doit émaner du médecin prescripteur de l’arrêt initial faute de quoi la rémunération devra être suspendue.

Ce cadre propre aux agents publics le rapproche ainsi très concrètement des règles applicables aux agents du régime général depuis le 1^er septembre dernier. Cette mesure doit attirer l’attention des services RH. Elle implique une vigilance accrue lors de la réception des arrêts et doit questionner sur la gestion quotidienne de la maladie ordinaire. Il est rappelé que la production d’un arrêté s’avère être nécessaire lors du placement d’un agent en congé de maladie ordinaire.

La réforme renforce également les possibilités de contrôle

Indépendamment du contrôle médical qui peut toujours être effectué par un médecin agréé, l’administration peut désormais faire procéder à un contrôle administratif de l’arrêt de travail, par une personne dûment habilitée. Ces deux logiques de contrôle sont complémentaires et porte des aspects différents : la présence de l’agent en cas de contrôle administratif, la situation médicale pour ce qui relève du médecin agréé. Rappelons que le médecin du travail, dans la fonction publique, n’a pas de compétence en matière de contrôle de la maladie et que le médecin conseil de la sécurité sociale n’a de compétence que pour les agents contractuels.

Le contrôle administratif porte sur la présence de l’agent à son domicile ou sur son lieu de repos lorsque les sorties ne sont pas autorisées, ainsi que pendant les heures durant lesquelles sa présence est obligatoire.

Les conséquences financières et juridiques en cas d’absence injustifiée

Les conséquences du refus de contrôle ou d’une absence injustifiée sont importantes : le versement de la rémunération est interrompu jusqu’à la fin de l’arrêt concerné. La période correspondante reste néanmoins comptabilisée dans la durée du congé. Ces dispositions sont prévues, notamment pour la fonction publique territoriale, par le nouvel article 26-1 du décret du 30 juillet 1987. Des dispositions comparables sont introduites dans les deux autres versants.

Pour les employeurs publics, cette faculté nouvelle ne doit toutefois pas conduire à faire du contrôle la principale politique de lutte contre l’absentéisme.

Surtout, cette faculté suppose de formaliser précisément les conditions dans lesquelles ces contrôles sont décidés et réalisés : personnes habilitées, traçabilité, respect de la vie privée, information de l’agent et procédure permettant de caractériser une absence injustifiée.

Florian Glay, Formateur et Consultant RH