Le régime indemnitaire fixé par les assemblées délibérantes des collectivités territoriales et les conseils d’administration des établissements publics locaux pour les différentes catégories de fonctionnaires territoriaux ne doit pas être plus favorable que celui dont bénéficient les fonctionnaires de l’État exerçant des fonctions équivalentes. L’assemblée délibérante de la collectivité ou le conseil d’administration de l’établissement fixe, dans les limites prévues à l’article 1^er du décret n° 91-875 du 6 septembre 1991, la nature, les conditions d’attribution et le taux moyen des indemnités applicables aux fonctionnaires de ces collectivités ou établissements. Dès lors, il appartient à l’assemblée délibérante de fixer les modalités de maintien du régime indemnitaire durant certaines situations de congés maladie en fonction des règles d’attribution spécifiques des primes concernées. Un arrêt récent du Conseil d’État n° 462452 du 4 juillet 2024 vient aujourd’hui éclairer ce qu’il en est (maintien ou non du versement) pour les indemnités attachées à l’exercice des fonctions pendant un congé de maladie ordinaire, d’accident de service ou de maladie imputable au service.

Une assemblée délibérante peut prévoir le maintien du bénéfice d’indemnités attachées à l’exercice des fonctions pendant un congé de maladie ordinaire

Les fonctionnaires de l’État placés en congé de longue maladie ou de longue durée n’ont pas droit au maintien des indemnités attachées à l’exercice des fonctions, hors les cas où ce congé résulte d’un accident ou d’une maladie imputable au service. De ce fait, il est également interdit à une collectivité territoriale d’en prévoir le maintien à ses fonctionnaires placés dans les mêmes situations.
En revanche, le bénéfice de ces indemnités est maintenu aux fonctionnaires de l’État placés soit en congé de maladie ordinaire soit en congé à raison d’un accident de service ou d’une maladie imputable au service. Dans ce second cas, les fonctionnaires bénéficiant du maintien de l’intégralité de leur traitement, conservent également le bénéfice intégral de ces régimes indemnitaires, dans le respect, quand ceux-ci prévoient une modulation.

Maintien des indemnités attachées à l’exercice des fonctions durant un congé de maladie ordinaire : revirement de jurisprudence

Avant l’arrêt du Conseil d’État n° 462452 du 4 juillet 2024, la jurisprudence actait plutôt que le maintien des indemnités qui sont attachées à l’exercice des fonctions, telles que l’indemnité spécifique de service et la prime de service et de rendement, était interdit en tout état de cause pour les agents de la fonction publique de l’État. Et par conséquent pour ceux de la fonction publique territoriale, durant certaines périodes de congés, notamment ceux consécutifs à un accident de service ou une maladie imputable au service.
Or, ce maintien est au contraire prévu pour les fonctionnaires de l’État placés en congé à raison d’un accident de service ou d’une maladie imputable au service, et les fonctionnaires placés en congé pour accident de service et ceux placés en congé pour maladie imputable au service ne se trouvent pas dans une situation différente au regard de l’objet d’une règle relative à la rémunération au cours du congé.

Au regard de l’ensemble de ces éléments, dans son arrêt n° 462452 du 4 juillet 2024, le Conseil d’État indique qu’il est loisible à l’assemblée délibérante d’une collectivité territoriale, quand elle institue des indemnités attachées à l’exercice des fonctions, de prévoir le maintien du bénéfice de ces régimes aux fonctionnaires placés soit en congé de maladie ordinaire, soit en congé à raison d’un accident de service ou d’une maladie imputable au service.