C’est dans le cadre de « la mise en chantier » de l’Acte III de la décentralisation que la Cour des comptes se penche sur l’état actuel de l’administration territoriale et son devenir. Ainsi juge-t-elle que la particularité des recteurs (spécifiques à l’Éducation) complique l’articulation entre partenaires de politiques publiques au niveau régional, particulièrement donc entre l’Éducation et les autres administrations qui ont souvent du mal à se coordonner.
La Cour des comptes suggère, entre autres, de « fusionner » le service de santé scolaire et le service de la protection maternelle et infantile.