Arrêts maladie : la réforme des arrêts de travail au 1er septembre 2026 s’applique-t-elle aux agents territoriaux ?

Le plafonnement des arrêts de travail : une réforme conçue pour les indemnités journalières du régime général mais qui produira des effets indirects dans la fonction publique territoriale

Le décret n° 2026-498 du 12 juin 2026 fixe désormais des plafonds de durée pour les arrêts de travail prescrits par les médecins, chirurgiens-dentistes et sages-femmes donnant lieu au versement d’indemnités journalières. À compter du 1^er septembre 2026, la durée maximale d’une première prescription est fixée à trente et un jours et celle d’une prolongation à soixante-deux jours. Le texte prévoit néanmoins une possibilité de dérogation lorsque le professionnel de santé justifie explicitement la nécessité d’une durée supérieure au regard de l’état de santé du patient.
Sur le plan juridique, ce décret vise exclusivement les mécanismes d’indemnisation relevant du Code de la sécurité sociale. Les fonctionnaires territoriaux ne perçoivent pas d’indemnités journalières de sécurité sociale pendant leurs congés de maladie ordinaires, de longue maladie ou de longue durée. Ils continuent à bénéficier du régime statutaire prévu par le Code général de la fonction publique. Le décret n° 2026-498 ne modifie donc ni les droits statutaires à congé de maladie ni les règles de rémunération applicables aux fonctionnaires territoriaux.

Pour autant, considérer que cette réforme est sans conséquence pour les collectivités territoriales serait une erreur d’analyse. Les médecins traitants utilisent les mêmes formulaires d’arrêt de travail pour les salariés du secteur privé et les agents publics. À compter du 1^er septembre 2026, ils seront naturellement conduits à prescrire plus fréquemment des arrêts initiaux de trente et un jours puis, le cas échéant, des prolongations successives. Les employeurs territoriaux doivent donc s’attendre à une augmentation du nombre de certificats de prolongation transmis par les agents. Cette évolution concernera particulièrement les agents contractuels affiliés au régime général, mais également les fonctionnaires territoriaux dont les arrêts seront prescrits selon les nouvelles pratiques médicales induites par le décret. La réforme ne modifie donc pas directement les droits des agents publics, mais elle transformera concrètement les modalités de prescription auxquelles les collectivités seront confrontées.

Les nouvelles modalités des visites de préreprise et de reprise : une réforme principalement applicable au secteur privé

Le décret n° 2026-503 du 12 juin 2026 modifie plusieurs dispositions du Code du travail relatives au suivi médical des salariés en arrêt de travail. Désormais, l’employeur est informé de l’organisation d’une visite de préreprise même lorsque cette visite n’aboutit à aucune recommandation du médecin du travail, sauf opposition du salarié. Cette évolution vise à renforcer la coordination entre les services de prévention et de santé au travail et les employeurs afin de mieux préparer le retour à l’emploi.
La principale innovation du texte réside toutefois dans la création d’un mécanisme de dispense de visite de reprise. Lorsque deux conditions cumulatives sont réunies, la visite de reprise n’est plus obligatoire. D’une part, une visite de préreprise doit avoir été organisée dans un délai déterminé avant la reprise effective. D’autre part, le médecin du travail doit avoir conclu lors de cette visite qu’aucune mesure d’aménagement du poste, d’adaptation du travail ou d’aménagement du temps de travail n’est nécessaire. Cette simplification poursuit un objectif d’allègement des démarches administratives tout en maintenant un niveau de sécurité suffisant pour les salariés concernés.

Pour les employeurs territoriaux, la portée de cette réforme demeure limitée. Le décret modifie exclusivement des dispositions du Code du travail applicables aux salariés du secteur privé. Les fonctionnaires territoriaux et les agents contractuels de droit public continuent à relever des règles spécifiques de médecine préventive et de médecine du travail prévues par le Code général de la fonction publique et ses textes d’application. Les modalités des visites médicales de reprise dans la fonction publique territoriale ne sont donc pas modifiées par ce décret. En revanche, les collectivités employant du personnel de droit privé ou des apprentis relevant du Code du travail devront appliquer ces nouvelles dispositions pour les personnels concernés.

Les décrets n° 2026-498 et n° 2026-503 du 12 juin 2026 illustrent une nouvelle étape dans la politique gouvernementale de maîtrise des arrêts de travail et de sécurisation des reprises d’activité. Leur champ d’application demeure essentiellement centré sur les salariés relevant du régime général de sécurité sociale et du Code du travail. Pour les collectivités territoriales, la vigilance doit néanmoins rester de mise pour sécuriser les décisions de gestion et répondre avec précision aux interrogations des agents comme des encadrants.