Congés annuels et état d’urgence sanitaire : les principales dispositions à connaître

Fonction publique

En période de crise sanitaire comme en période ordinaire, les positions administratives de télétravail, d’autorisation spéciale d’absence (ASA) ou de congé de maladie sont considérées comme des positions d’activités, elles génèrent par conséquent des droits à acquisition de congés annuels.

En effet, les lois statutaires prévoient que les fonctionnaires en activité ont droit à un congé annuel avec traitement dont la durée est fixée par décret en Conseil d’État. Dès lors, la durée du confinement avec ses absences imposées aux agents génère aussi des jours de congés.

Congés annuels imposés et état d’urgence sanitaire

Un chef de service peut à la fois modifier des congés posés et imposer des dates, pour des motifs tirés de l’intérêt du service. En effet, le chef de service a compétence pour organiser la prise des jours de congés sur certaines périodes de l’année, sur la base d’un calendrier fixé après consultation des fonctionnaires intéressés.

Il est à noter que l’imposition de dix jours de congés aux agents en autorisation spéciale d’absence au cours de la période d’état d’urgence sanitaire, alors qu’ils étaient déchargés de leurs obligations de service les jours restants tout en continuant à percevoir leur rémunération, ne caractérise pas un traitement défavorable par rapport aux agents en télétravail et à ceux présents sur leur lieu de travail. Pour rappel, l’ordonnance n° 2020-430 du 15 avril 2020 relative à la prise de jours de réduction du temps de travail ou de congés dans la fonction publique de l’État et la fonction publique territoriale au titre de la période d’urgence sanitaire a été validée par l’arrêt du Conseil d’État n° 440258 du 16 décembre 2020.

Congés annuels et seuil de dépôt de jours au titre du compte épargne-temps (CET)

Les dispositions temporaires en matière de compte épargne-temps dans la fonction publique territoriale pour faire face aux conséquences de l’état d’urgence sanitaire ont assoupli à titre temporaire les règles de gestion du compte épargne-temps (CET) au titre de l’année 2020. Les congés annuels non pris peuvent ainsi être épargnés pour être déposés sur les comptes épargne-temps (CET) à hauteur de 70 jours au lieu de 60 jours.

Les années suivantes, les jours ainsi épargnés au-delà de 60 jours peuvent être maintenus sur le compte épargne-temps (CET) ou être utilisés dans les conditions habituelles (pris sous forme de congés, indemnisés et/ou pris en compte pour le régime de retraite additionnelle de la fonction publique). Par ailleurs, les autorisations spéciales d’absence (ASA) n’ont pas vocation à remplacer les congés posés et validés. L’employeur n’a aucune obligation d’annuler des congés pour les transformer en ASA.

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