Congés de maladie et jour de carence dans la fonction publique : que faut-il savoir ?

Publié le 8 janvier 2021 à 17h00 - par

Les congés de maladie des fonctionnaires deviennent des congés pour raison de santé suite à la parution de l’ordonnance n° 2020-1447 du 25 novembre 2020 qui apporte des précisions sur les congés pour raison de santé inscrits à l’article 21 de la loi n° 83-634 du 13 juillet 1983 portant droits et obligations des fonctionnaires.

Congés de maladie et jour de carence dans la fonction publique : que faut-il savoir ?

L’ordonnance santé et famille clarifie la terminologie des congés maladie inscrits à l’article 21 de la loi n° 83-634 du 13 juillet 1983 portant droits et obligations des fonctionnaires (congé de maladie, congé de longue maladie et congé de longue durée). Les fonctionnaires ont désormais droit non plus à des congés de maladie mais à des congés pour raison de santé. Durant ces congés pour raison de santé, ils bénéficient de nouveaux droits statutaires, certains étant spécifiques à la période d’urgence sanitaire, comme la suspension du jour de carence pour les arrêts de travail liés à la Covid-19.

Suspension du jour de carence pour les arrêts de travail liés à la Covid-19

Actuellement, les agents testés positifs à la Covid-19 sont placés en congés pour raison de santé dans les conditions de droit commun selon la règle toujours en vigueur. Le jour de carence s’applique et est donc retenu. C’est-à-dire que lorsqu’ils sont en arrêt maladie pour contamination à la Covid-19, les agents publics (fonctionnaire ou contractuel) ne bénéficient du maintien de leur traitement ou de leur rémunération qu’à partir du deuxième jour d’arrêt de travail. Le premier jour de congé de maladie, appelé jour de carence, n’est pas rémunéré (contre 3 jours non rémunérés chez les salariés du privé).

L’article 217 de la loi de finances pour 2021, qui a été promulguée le 30 décembre 2020, permettra, lorsque les modalités d’application seront connues, la suspension du jour de carence pour les agents de la fonction publique positifs à la Covid-19. Cette mesure de suspension du jour de carence interviendra sans effet rétroactif au 1er janvier 2021. Elle s’appliquera jusqu’au 31 mars 2021, alors que la suspension du jour de carence était initialement prévue jusqu’au 16 février 2021, date de fin jusqu’ici connue de la période d’urgence sanitaire.

La mesure de la suspension du jour de carence pour les arrêts de travail liés à la Covid-19 doit encore faire l’objet d’un décret à paraître prochainement avant de pouvoir être effective*. Le secret médical de la gestion de ces arrêts de travail sera garanti dans le cadre de la démarche qui sera mise en place par l’assurance maladie. Elle permettra à l’agent de saisir ses données et de recevoir une attestation ne faisant pas mention de la pathologie.

Des droits nouveaux pour favoriser la réadaptation ou la reconversion professionnelle

Un fonctionnaire pourra pendant un congé pour raison de santé et en vue de sa réadaptation ou de sa reconversion professionnelle bénéficier d’une formation ou d’un bilan de compétences. Il pourra pratiquer une activité. La possibilité de suivre une formation ou un bilan de compétences pendant les congés pour raison de santé, sur la base du volontariat et avec l’accord du médecin traitant a été introduite par la loi n° 2019-828 du 6 août 2019.

Il s’agit là d’une mesure préconisée dans le cadre du plan en faveur de l’insertion des personnes en situation de handicap. Elle bénéficiera à tous les agents publics en levant un verrou souvent constaté par les acteurs du champ de la réinsertion professionnelle. Les dispositions de l’ordonnance n° 2020-1447 du 25 novembre 2020 prévoient expressément l’intervention d’un décret à paraître pour en fixer les modalités d’application.

Par ailleurs, s’agissant du congé de longue maladie (CLM) et du congé de longue durée (CLD), une portabilité en cas de mobilité au sein de la fonction publique et la possibilité d’une utilisation continue ou discontinue de  ces congés sont introduites. Ces modalités d’utilisation du CLM et du CLD entreront en vigueur par décret pris au plus tard le 1er février 2022. Jusqu’à présent, la faculté d’une utilisation discontinue du CLM ou du CLD découlait implicitement des dispositions du décret n° 87-602 du 30 juillet 1987 relatif aux congés de maladie des fonctionnaires territoriaux. Les congés pour raison de santé n’ouvrent toujours pas droit à des jours d’ARTT.

*Rectificatif : Actualisation au 11 janvier 2021

Le décret n° 2021-15 du 8 janvier 2021 relatif à la suspension du jour de carence au titre des congés de maladie directement en lien avec la Covid-19 accordés aux agents publics et à certains salariés a fait l’objet d’une publication au JO le 9 janvier 2021. Il entre en vigueur au lendemain de sa publication.


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