Si l’agent n’a bénéficié d’aucun congé annuel, l’indemnité représente alors un dixième de la rémunération totale brute perçue par celui-ci lors de l’année concernée. Si l’agent n’a bénéficié que d’une partie de ses congés annuels, l’indemnité est proportionnelle au nombre de jours de congés non pris. Cette indemnité compensatrice est soumise aux même retenues que la rémunération de l’agent (article 5 du décret n° 88-145 du 15 février 1988).
En revanche, un fonctionnaire territorial qui n’a pas épuisé ses droits à congé et qui ne bénéficie pas d’une autorisation exceptionnelle de report ne peut prétendre à aucune indemnité compensatrice. Le décret n° 85-1250 du 26 novembre 1985 relatif aux congés annuels des fonctionnaires territoriaux énonce en effet en son article 5 qu’« un congé non pris ne donne lieu à aucune indemnité compensatrice ».
La loi n° 2007-209 du 19 février 2007 relative à la fonction publique territoriale a cependant apporté un assouplissement à ce principe en énonçant qu’un décret « prévoit les conditions dans lesquelles une compensation financière peut être proposée à un agent titulaire de droits à congés ouverts à compter de 6 mois après la promulgation de la loi (…) non utilisés à l’issue d’une période que ce décret détermine, lorsque l’autorité territoriale considère cette modalité conforme à l’intérêt du service ».
Ce début d’assouplissement avait déjà été constaté avec l’institution du compte épargne temps dans la fonction publique territoriale (décret n° 2004-878 du 26 août 2004) dont l’une des vocations est de permettre au salarié de financer des congés non rémunérés mais également de se constituer une épargne monétaire en bénéficiant d’une rémunération, immédiate ou différée, en contrepartie des périodes de repos ou de congés non pris. Tel était l’esprit du décret n° 2007-1597 du 12 novembre 2007 qui instituait une indemnité compensant les jours de repos travaillés au titre de l’année 2007 au bénéfice des agents titulaires et non titulaires relavant du titre II du statut général des fonctionnaires de l’État et des collectivités territoriales.
Aux termes des accords du 21 février 2008 signés avec les organisations syndicales représentatives, un nouveau dispositif propre aux comptes épargne temps (CET) a été élaboré. Il vise, d’une part, à monétiser la moitié des jours de congés accumulés sur ces comptes, et d’autre part, permet aux agents, depuis 2009, une sortie du CET en temps, en épargne retraite ou en monétisation immédiate de quelques jours.
Dans ce cadre, le décret n° 2008-1136 du 3 novembre 2008 a assoupli pour les agents de l’État la gestion des CET. Le texte prévoit désormais la suppression du nombre minimum de jours épargnés avant consommation, la suppression du délai de péremption et le rachat de la moitié des jours figurant sur le CET au 31 décembre 2007, par tranche de quatre jours par an, sur la base forfaitaire fixée en 2007, soit 125 euros pour les agents de catégorie A, 80 euros pour ceux de catégorie B et 65 euros pour ceux de catégorie C.
